建设现代大学制度是区域高等教育综合改革的客观要求。长株潭高校现代大学制度建设既有新的进展又面临现实困难与挑战。深化长株潭高等教育综合改革推进现代大学制度建设，需努力遵循现代大学制度的普适性理念与价值，以高等教育现实问题的解决为取向，在现行体制下继续依靠外部行政力量来推动。其可行路径是：改革政府教育资源配置方式，改善高校内部权力结构，改革大学校长选拔机制，建立教授治学的组织机制，通过大学章程的制定促进高校自主办学和自主管理。