学科交叉融合是新时代培养卓越工程师、服务区域经济发展的关键路径。其赋能地方工科院校卓越工程师的内生逻辑体现为创新培养方向、开拓培养路径、优化培养模式、完善培养机制，以形成“复杂问题导向”的复合型工程能力培养体系，但实践中面临顶层设计缺失、课程体系滞后、协同机制薄弱等方面的挑战。为此，通过学科交叉融合布局顶层设计、产教融合课程体系重构、跨学科师资团队整合、多元协同育人生态构建和完善保障体系等举措，系统构建学科交叉融合培养体系，为地方工科院校培育具有复杂工程问题解决能力和技术创新引领力的卓越工程师提供实践方案，为区域发展提供复合型工程人才支撑。