横向科研经费应收账款长期挂账、难以回收等问题制约着高校科研治理效能的有效发挥。为此，有必要明确其治理的内在运行逻辑，系统解构其运行机理，深入剖析当前存在的事前风险控制失范、事中科研激励不足、事后账款回收核算体制固化等难题。在此基础上，对症下药，总结出建立健全以风险防范为核心的合同控制机制、以权益保护为内涵的科研激励机制、以规范高效为目标的横向经费应收账款治理长效机制。